1. Đánh giá quá trình sản xuất theo các tiêu chí đánh giá và hướng dẫn đánh giá có trong VietGAP của từng loại sản phẩm.
Riêng đối với các sản phẩm thuộc lĩnh vực thủy sản; sản phẩm rau, quả, chè thuộc lĩnh vực trồng trọt; sản phẩm bò sữa, gia cầm, lợn, ong thuộc lĩnh vực chăn nuôi tiêu chí đánh giá theo Phụ lục IXA, Phụ lục IXB và Phụ lục IXC ban hành kèm theo Thông tư này cho đến khi ban hành VietGAP phiên bản mới.
2. Lấy mẫu môi trường (đất, nước, không khí), vật tư đầu vào, chất thải hoặc mẫu điển hình của sản phẩm và xác định chỉ tiêu phân tích theo quy định tại VietGAP (trong trường hợp cơ sở sản xuất không cung cấp được kết quả phân tích hoặc kết quả phân tích không phù hợp); phương pháp lấy mẫu, phương pháp thử theo quy định tại quy chuẩn kỹ thuật hoặc quy định, trường hợp chưa có quy định thì theo phương pháp của phòng thử nghiệm được công nhận hoặc chỉ định.
3. Đối với cơ sở sản xuất nhiều thành viên:
a) Đánh giá hệ thống quản lý chất lượng nội bộ theo Phụ lục X ban hành kèm theo Thông tư này ;
b) Đánh giá tài liệu lưu trữ;
c) Đánh giá thành viên đại diện nhóm: Số lượng thành viên đại diện nhóm được đánh giá do tổ chức chứng nhận quyết định theo từng trường hợp cụ thể nhưng tối thiểu bằng căn bậc 2 (đối với đánh giá lần đầu) hoặc tối thiểu 2/3 của căn bậc 2 (đối với đánh giá lại) hoặc tối thiểu ½ của căn bậc 2 (đối với đánh giá giám sát) của tổng số thành viên trong nhóm.
4. Theo quy định tại điểm c khoản 1 Điều 7 và Điều 17 của Thông tư này các tổ chức chứng nhận VietGAP xây dựng hướng dẫn chi tiết về hồ sơ đăng ký; trình tự và nội dung đánh giá, thời gian đánh giá, cấp Giấy chứng nhận VietGAP cho từng sản phẩm cụ thể và thông báo cho tổ chức, cá nhân đăng ký chứng nhận VietGAP.
VIETCERT là nhà cung cấp dịch vụ thử nghiệm, giám định, hiệu chuẩn, kiểm tra nhà nước hàng nhập khẩu, chứng nhận sản phẩm hợp chuẩn, chứng nhận sản phẩm hợp quy, chứng nhận các hệ thống quản lý ISO, chứng nhận VietGAP trong lĩnh vực trồng trọt, chăn nuôi, các dịch vụ đào tạo chuyển gia đánh giá sản phẩm, chuyên giá đánh giá các hệ thống quản lý ISO, và sử dụng kiến thức sâu rộng về ngành để hỗ trợ các tổ chức khắc phục rủi ro và hoạt động trong môi trường kinh doanh năng động và đầy thử thách.